Meskipun keinginan Sayaka Miki terpenuhi, konsekuensi tak terduga yang menyertainya membanjiri dirinya, menyebabkan permata jiwanya ternoda saat ia menyerah pada keputusasaan dan akhirnya kehilangan kemanusiaannya. Homura Akemi mengungkapkan kepada Kyouko Sakura dan Madoka Kaname nasib utama gadis penyihir: setelah permata jiwa mereka ternoda, itu berubah menjadi Benih Duka, dan mereka terlahir kembali sebagai penyihir