Kannazuki no Miko dimulai di desa Mahoroba, di mana waktu berlalu dengan lambat bagi manusia dan alam. Dua siswa dari Akademi Ototachibana yang bergengsi di desa mungkin juga siang dan malam. Himeko pemalu dan tidak tegas, sementara Chikane berani dan elegan. Meskipun demikian, mereka saling mencintai, dan tidak ada yang dapat menghalangi mereka, tidak peduli sekeras apa pun mereka berusaha. Pada ulang tahun kedua gadis yang sama, suara seram merusak salah satu teman mereka untuk menyerang mereka, dan tepat ketika itu tampak grimmest, kekuatan pendeta bulan dan tenaga surya yang terbaring tidak aktif di kedua gadis terbangun, mengusir kejahatan. Namun itu hanya rintangan pertama. Keduanya sekarang harus menangkis orang lain yang tak terhitung jumlahnya yang akan mengancam kesejahteraan mereka