Ketika Shinsei Inazuma Jepang akan bertanding dengan Inazuma Legend Japan, serangan misterius seseorang dan segerombolan robot terputus, dan kekuatan gadis misterius lainnya mendorong dunia ke dimensi lain. Ketika dunia Inazuma Eleven Go dan Danball Senki W bertemu, kedua tim harus bekerja sama untuk mencari tahu apa yang terjadi pada dunia mereka.