Setelah kesimpulan dari Hakuouki, Yukimura Chizuru dan Shinsengumi dipaksa untuk meninggalkan Kyoto dan berlayar untuk Edo. Pada komandan mereka Kondou Isami absen, wakil komandan Hijikata Toshizou langkah-langkah dalam bertindak sebagai komandan. Namun, Hijikata tidak hanya berjuang dengan ekstra tugas kepemimpinan