Setelah neraka misterius membunuh keluarganya, Shirou diselamatkan dan diadopsi oleh Kiritsugu Emiya, yang mengajarinya cara-cara sihir dan keadilan. Suatu malam, bertahun-tahun setelah kematian Kiritsugu, Shirou sedang membersihkan sekolah, ketika dia menemukan dirinya terjebak di tengah-tengah pertemuan mematikan antara dua manusia super yang dikenal sebagai Servant. Selama upayanya melarikan diri, bocah laki-laki itu ditangkap oleh salah satu Servant dan menerima luka yang mengancam jiwa. Ajaibnya, dia selamat, tetapi Servant yang sama kembali untuk menyelesaikan apa yang dia mulai. Dalam keputusasaan, Shirou memanggil seorang Hamba sendiri, seorang kesatria bernama Sabre. Keduanya sekarang harus berpartisipasi dalam Perang Cawan Suci Kelima, pertempuran royale dari tujuh Pegawai Negeri dan penyihir yang memanggil mereka, dengan hadiah utama tidak lain adalah Holy Grail yang Mahakuasa itu sendiri. garis halus antara seorang pahlawan dan seorang pembunuh, cita-citanya bertentangan dengan kenyataan pahit di sekitarnya. Akankah anak itu menjadi pahlawan seperti ayah angkatnya, atau mati saat mencoba?