Setelah Amagami SS, siswa SMA Junichi Tachibana melanjutkan hubungannya dengan gadis-gadis di sekolahnya. Amagami SS Plus menawarkan sekilas tentang apa yang terjadi setelah resolusi dari kisah masing-masing gadis. Peristiwa baru mulai terjadi antara masing-masing gadis dan Junichi. Tsukasa Ayatsuji, perwakilan kelas, mencalonkan diri sebagai ketua OSIS; Rihoko Sakurai, yang telah mengambil alih Klub Teh dengan Junichi, masih ingin mengakui perasaannya kepadanya; Ai Nanasaki mempertanyakan masa depan hubungannya dengan Junichi ketika dia pergi kuliah; Kaoru Tanamachi bertanya-tanya apakah hubungannya dengan Junichi akan lebih jauh; Sae Nakata dan Junichi berurusan dengan teman sekelas yang masih tidak percaya bahwa seseorang yang begitu imut adalah pacarnya; dan Haruka Morishima ingin membawa hubungan mereka ke tingkat berikutnya dan menikah.